A CESE apóia projetos nas áreas de:

Desenvolvimento Institucional - iniciativas que visem organizar, fortalecer e articular as organizações populares e sociais enquanto agentes de transformação social.

Direitos Humanos - projetos que buscam a promoção dos Direitos Humanos (econômicos, sociais, culturais e ambientais; em especial, a luta contra toda forma de preconceito, intolerância e violência).

Desenvolvimento Econômico - iniciativas de geração de ocupação, trabalho e renda que visem à inserção econômica da população excluída do mercado formal de trabalho, ou consolidem formas alternativas estáveis de produção e geração de renda.

Comunicação e Cultura - esforços pela democratização da informação e resgate e promoção da cultura popular.

Meio Ambiente - projetos de educação ambiental e de intervenção de grupos e associações para: implantação de políticas públicas, recuperação de áreas degradadas, reciclagem, superação de conflitos sócio-ambientais e manejo adequado de recursos naturais.

Diaconia Ecumênica (Serviço Social das Igrejas) - iniciativas dos setores diaconais das igrejas que tenham dimensão ecumênica, para fortalecer o trabalho da igreja no âmbito dos direitos humanos e o do seu compromisso com os movimentos sociais de caráter popular.

Saúde Popular - promoção de saúde pública e do resgate de práticas alternativas eficazes de saúde, com base em tradições populares.

Educação - defesa da educação pública, da educação popular comunitária e, ao fomento de práticas educativas diferenciadas.

Entre os temas prioritários dos projetos apoiados pela CESE em algumas destas áreas, estão: produção agro-ecológica, convivência com o semi-árido e captação de água, geração de renda, combate à violência e melhores condições de vida nas cidades.